自闭症的病因复杂，准确检查出病因才能避免治疗不彻底，病情反复等情况。反复治疗不仅加大疾病治疗费用，而且不利于孩子后期治疗。自闭症的主要有以下几个因素，通过对自闭症的病因的了解有助于自闭症的预防。
1、遗传
遗传因素对孤独症的作用已趋于明确，20%的自闭症者中，他的家族可找到有智能不足、语言发展迟滞和类似自闭症的。此外，自闭症男童中约10%有染色体脆弱症。
2、围产期因素
围产期各种并发症，如产伤、宫内窒息等较正常对照组多，或者怀孕期间因麻疹或流行性感冒病毒感染，使胎儿的脑部发育受损伤而导致自闭症。
3、新陈代谢疾病
如苯酮尿症等先天的新陈代谢障碍，造成脑细胞的功能失调和障碍，会影响脑神经讯息传递的功能，而造成自闭症。
4、免疫系统、神经内分泌以及神经递质异常
发现T淋巴细胞数量减少，辅助T细胞和B细胞数量减少、抑制-诱导T细胞缺乏、自然杀伤细胞活性减低等。研究还发现孤独症患者的单胺系统，如5-羟色胺（5-HT）和儿茶酚胺发育不成熟，松果体-丘脑下部-垂体-肾上腺轴异常，导致5-HT、内啡肽增加，促肾上腺皮质激素（ACTH）分泌减少。
广州天使儿童医院儿科主任说围产期因素、遗传因素和新陈代谢因素都是导致儿童自闭症的诱发因素，真正的病根在于孩子的免疫系统、神经内分泌异常，脑神经递质紊乱。、
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